皖南医学院设有临床医学院、麻醉学院、医学影像学院、法医学院、口腔医学院、护理学院、药学院、人文与管理学院、公共卫生学院、检验学院、医学信息学院、公共基础学院(创新创业学院)、基础医学院、马克思主义学院、研究生学院、继续教育学院等16 个二级学院。
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